O Museu não possui equipas permanentes de conservação e restauro. Procede, no entanto, à monitorização das condições de conservação preventiva das colecções e estabeleceu uma política de intervenção, por definição de prioridades nas acções de conservação e restauro.
Depois da grande campanha de conservação e restauro das colecções de arte flamenga nos anos 40 em Lisboa, as colecções têm vindo a ser conservadas e restauradas, com intervenções esporádicas, com recurso a ateliers de conservação e restauro. Para além de contactos institucionais, estabelecidos com o antigo Instituto José de Figueiredo, Instituto Superior de Conservação e Restauro, o Museu procede e procedeu a intervenções solicitadas a ateliers privados no continente português e mais recentemente estabelecidos na ilha da Madeira.
As intervenções não se reduziram às colecções do Museu, mas ainda a trabalhos necessários aquando da implementação de projectos de exposições temporárias.

		Estado de conservação antes e durante os restauros nos anos 40 do século XX, de uma pintura flamenga da colecção do Museu. Lisboa, oficina de Fernando Mardel. Adoração dos Reis Magos de Mestre da Adoração de Machico.

		Pormenores do reverso do volante direito do Tríptico do Bom Jesus, representando São Cristóvão e o Menino. No anverso, Assunção da Virgem. Atribuído a Joos van Cleve, Início do século XVI, óleo sobre madeira de carvalho.

Pormenores do trabalho de conservação e restauro da secção superior de uma pintura Virgem do Leite São Domingos e São Francisco, atribuída a uma oficina de finais do século XVI, inícios do século XVII, provinda da Capela de Nossa Senhora da Candelária na Tabua, ilha da Madeira. Atelier ISOPO - Conservação e Restauro, 1996. ^  Passe com o rato por cima da imagem para ver o trabalho de conservação e restauro.

		Trabalhos de consolidação de uma escultura de uma colecção privada do Funchal, presente numa exposição temporária no Museu de Arte Sacra, em 1998. São Tiago Maior, Escola Flamenga, inícios do século XVI. Atelier ISOPO - Conservação e Restauro.

		Trabalhos em várias fases de conservação e restauro de pintura a óleo sobre tela de Nicolau Ferreira, pintor madeirense do século XVIII. Pintura datada de 1787. Atelier de conservação e restauro de Georgina Garrido e Eleonor da Cruz Leitão, 1993. < Passe com o rato por cima da imagem para ver o trabalho de conservação e restauro.

Limpeza da face de Menino Jesus, conjunto escultórico Santo António e o Menino, final do século XVII. Madeira estofada e pintada. Atelier ISOPO - Conservação e Restauro, 1996.